Karst hidrolojisi ve karstoloji üzerine Türkiye’de uzman bir bilim adamı olan Aygen’in çoğu mühendislik jeolojisi ve karst hidrolojisi konularında olmak üzere, bazıları yurtdışında yayımlanmış çok sayıda yapıtı vardır.
Bunlardan belli başlıları şunlardır:
* "Balya Bölgesi (Balıkesir) jeolojisinin incelenmesi", MTA yayını. 1956.
* "Mağaralar ve Yeraltı Irmakları." Nafıa Vekâleti, DSİ yayını, 1959.
* "Hidroelektrik Santrallerin İnşasında Jeolojinin Ehemmiyetli Rolü", DSİ Yayını, 1963.
* Türkiye Mağaraları "Turkish Caves", Türkiye Turing ve otomobil kurumu yayını, 1984.
* "İller Bankasının Türkiye’de İnşa Ettiği Orta Çaptaki Hidroelektrik Bölge Santralleri, 1986.
* Blue Paradise To Lycia and Lycian Cities, Dost Yayınları, 1988.
* Türkiye’nin Az bilinen Doğal ve Arkeolojik Değerleri IBM Yayınları,1988.
ayrıca
"İlgi",
"Hilton International Magazine Turkey",
"Türkiye Turing ve Otomobil Kurumu",
"Belleten",
"Tursab (Türkiye seyahat acenteleri birliği yayın organı)",
"Image" (Türk tanıtma vakfının yayını)
gibi birçok dergide Türkiye’nin doğal ve arkeolojik hazineleri konularında gerek İngilizce gerek Türkçe sayısız yazı ve makalesi ile bilimsel konularda yazılmış ve bir kısmı dış ülkelerde basılmış 20'den fazla broşür ve prospektüsü yayımlanmıştır.
